Cellpose通用细胞分割算法安装与使用

工作需要，对之前使用的cellpose通用细胞分割算法安装及使用进行整理。

1. 安装 Anaconda

前往Anaconda官网，下载对应版本Anaconda安装包。

anaconda安装

安装包下载完成后，进行安装，记得自己Anaconda的安装路径。

2. 拉取Cellpose Github源码

进入MouseLand/cellpose网站，下载源码至本地，并解压

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3. 配置 Cellpose 所需环境

进入anaconda prompt，终端模式下，进入前面下载的github文件路径，我的路径为E:\cellpose-main

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environment.yml为环境的配置文件，将依据该环境文件配置conda环境

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终端中运行如下命令，将在本地电脑上部署环境

$  conda env create -f environment.yaml

等待下载完成，激活新环境

$  conda env list #查看当前电脑上已存在的环境

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激活环境，并查看当前环境下的安装库

$  conda activate cellpose #激活cellpose环境
$  conda list

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4. 运行程序，分割图像

安装并运行 jupyter notebook

$  conda install jupyter # 安装 jupyter notebook
$  jupyter notebook # 运行jupyter notebook

jupyter notebook 界面如下

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进入并运行Cellpose\notebooks\run_cellpose_gq.ipynb文件

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若报以下错误，按以下解决方法进行解决

错误1：

image-20240519140446863

解决错误1：运行conda install scikit-image命令

错误2：

image-20240519140559832

解决错误2：运行conda install matplotlib命令

待处理图片放在对应文件夹中

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运行程序，开始分割图片

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分割效果

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